بوشهر در دوره های سه گانه ای تمدن عیلام از هزاره ی سوم تا هزاره ی اول قبل از میلاد،مورد توجه بوده و از کاوش های باستان شناسی چنین بر می آید که نام اولیه ی این بندر لیان بوده است.
ظاهرا این شهر (لیان باستانی)از هزاره ی سوم قبل از میلاد و احتمالا پیش از آن به لحاظ موقعیت خاص جغرافیایی خود، از نقاط ارتباطی تمدن های شرق و غرب دنیای قدیم بوده است .
به گفته ی گریشمن، بوشهر کنونی در روزگار سلوکیان احداث گردیده است،وی می گوید:
"سلوکیان کمتر از نُه شهر در سواحل خیج فارس بنا نکردند و از آن جمله است: انطاکیه در پارس، بوشهر امروزه که جانشین شهر کهن عیلامی (شهر لیان) گردید".
در زمان اردشیر بابکان سر دودمان ساسانی، شهررام اردشیر در حدود 12 کیلومتری بوشهر بنا شده که اکنون خرابه های آن به نام ریشهر معروف است.
عرب هایی که از این محل به داخل ایران نفوذ کردند آن را زی ضهر نام گذاری کرده اند.
نام بوشهر برای نخستین بار در کتاب معجم ابلدان یاقوت حموی (621 ه.ق) آمده است.
گُی لسترنج،مؤلف کتاب جغرافیای تاریخی سرزمین های خلافت شرقی نیز آن را یادآور شده و یاد کرده است.
در زمان نادرشاه افشار، بوشهر آباد شد و ریشهر از اهمیت افتاد. بندر جدید بوشهر را نادرشاه در محل یک روستای ماهیگیری ایجاد کرد. این بندر مرکز بازرگانی معتبری می شد و از آن جا با بنادر هندوستان را بطه مستقیم برقرار گردید. از مسقط و بنادر عربستان،کشتیهای بادی و لنج های بزرگ به بوشهر می آمد.
نادر شاه افشار که متوجه وضع نامطلوب خیلج فارس شده بود در صدد ایجاد نیروی دریایی برای تامین ارتباط جزایر با سواحل خلیج فارس برآمد و عبداللطیف یا لطیف خان را در سال 1147 ه.ق (1735 م) به ایالت دشتستان و شولستان و قبودانی(کاپیتانی)کل سواحل و بنادر خیج فارس انتخاب و اعزام کرد.
از ایمن رو آبادی ری شهر به بوشهر امروزی انتقال یافت و به تدریج آباد شد.
در سال 1750 میلادی. ابومهیری پسر شیخ ناصرخان،ناخدا باشی کشتی های نادرشاه،طرح اصلی بوشهر را ریخت و پس از آن بوشهر مقر نیروی دریایی نادر شد. به دستور نادرشاه یک کارگاه کشتی سازی به سرپرستی جان التون انگلیسی که با لقب جمال بیگ،دریاسالار کشتی های نادرشاه در شمال بود،درآن ایجاد کرد.
در زمان کریم خان زند،بوشهر اهمیت فراوانی یافت و رقیب بندر بصره شد.
این بندر از مراکز عمده ی خلیج فارس به شمار می آمد و بازرگانان بوشهر، قسمت عمده ی تجارت خلیج فارس و اقیانوس هند را به عهده داشتند.
لطیف خان که در فرمان انتصاب ،به اصطلاح ترکان عثمانی قبودان خوانده شده است، نخست به گمبرون(بندرعباس)رفت و یا نمایندگی بازرگانی انگلستان و هلند وارد مذاکره شد. تا درباره ی پیش بینی تهیه ی قدرت دریایی ایران، شالوده ی اساسی اعمال حق سیادت بر خلیج فارس را طرح کرد،از این رو لطیف خان ،بندر بوشهر را برای مرکز عملیات فرماندهی خود انتخاب کرد و در آنجا به احداث بناهای مختلف پرداخت و نام آن محل را به بندر نادریه تبدیل کرد.ولی این شهر پس از نادرشاه به همان نام قبلی یعنی بوشهر خوانده شد.
بوشهر دگرگون شده بوخت اردشیر است به معنی شهر رهایی،شهری که اردشیر در آن رهایی یافت . در زبان انگلیسی بوشهر(B?sidon و در زبان فرانسوی بوشیر(Bu?ir است.
